"기술대여특례 혁신형 제약기업도..세액공제 초과시 환급"

동국대 김갑순 교수, 제약바이오산업의 R&D 지원을 위한 조세제도 개선방안 제시

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[메디파나뉴스 = 서민지 기자] 특허권 등 기술대여에 대한 과세특례제도 범위를 혁신형 제약기업까지 확대하는 동시에 세액공제 초과액에 대한 환급제도도 도입해야 한다는 주장이 제기됐다.
 
이와 함께 제약바이오기업들의 생산성 향상을 위해서 의약품 품질관리(GMP) 개선 시설투자에 대해 세액을 공제하고, 일몰기간을 장기화해야 한다는 연구 결과가 나왔다.
 
동국대 김갑순 교수는 7일 제약바이오산업의 R&D 지원을 위한 조세제도 개선방안 세미나에서 이 같은 내용의 세제지원 방안을 제시했다.
 
타 산업의 기술거래 형태와 달리 제약바이오산업의 기술거래 형태가 대학, 공공연구기관 및 중소기업으로부터 특허권 등의 기술을 제약바이오 대기업이 이전받고, 이를 대기업에서 추가 연구개발해 다시 다국적제약사에 대여하는 방식이 일반적이다.
 
문제는 현행 기술대여 거래에 대한 감면제도가 중소기업에만 한정적으로 적용되고 있다는 점이다.
 
지난 2011년부터 2019년 5월까지 제약바이오산업의 기술 대여거래 총 계약금액에 있어 대기업이 88.8%를 차지하고, 2015년부터는 95.6%~100%의 비중에 달하는 것으로 나타났다.
 
반면 벨기에나 프랑스, 룩셈부르크, 스페인, 스위스, 영국 등 대부분 국가들은 기술이전소득과 대여이익에 대해 낮은 세율을 적용하는 이른바 '특허박스'제도를 대기업, 중소기업 등에 차등 적용하지 않고 있다.
 
따라서 김 교수는 "정부가 R&D를 통한 제약바이오산업에 대한 혁신 의지가 있다면 해당 제도의 적용범위를 보다 확대해야 한다"면서 "중소기업 뿐만 아니라 제약산업육성법상 혁신형 제약기업에 해당한다면 대기업이라도 기술대여 감면을 적용하는 방안이 필요하다"고 제언했다.
 
또한 "정부입장에서 세수 감소에 대한 걱정이 많은 것으로 알지만, 제약바이오산업에 대한 지원은 '투자' 개념으로 봐야 한다"면서 "과세특례제도 확대는 물론, 실질적인 세액공제 효과를 받을 수 있도록 '세액공제 초과액에 대한 환급제도'도 도입해야 한다"고 강조했다.
 
사업 초기 높은 연구개발비와 낮은 영업수익으로 결손이 발생하는 규모가 적은 신생 제약바이오기업이나 소득수준이 적은 기업의 경우 세액공제액이 아무리 많아도 이를 활용할 가능성이 매우 낮기 때문.
 
실제 올해 한국제약바이오협회 조사 자료 분석 결과, 제약바이오기업당 당기에 세액공제를 받지 못하고 차기로 이월되는 세액공제액 차기이월금액이 차지하는 비중은 2013년부터 2018년까지 평균 50.87%에 달했고, 매년 평균 33.1%씩 증가하는 것으로 나타났다.
 
이월되는 세액공제액이 큰폭으로 증가함에 따라 공제가능기간이 5년에서 10년으로 연장되더라도 공제받지 못하고 소멸된 세액공제액이 적지 않을 것으로 예상되고 있다.
 
뿐만 아니라 김 교수는 "바이오헬스산업 혁신을 위해서는 시설개선이 불가피하다. 때문에 의약품 품질관리(GMP) 개선 등 생산성 향상을 위한 시설투자에 대해 세액공제 제도가 반드시 필요하다"면서 "지속가능성에 대한 불확실성을 제거할 수 있도록 현행 2~3년 단위의 일몰규정을 10년 이상 장기화 또는 영구화해야 한다"고 촉구했다.
 
한편 국회 보건복지위원회 장정숙 의원은 지난 6일 혁신형 제약기업에 대한 세액 감면 내용을 담은 조세특례제한법 개정안을 대표 발의했다.
 
현행법은 중소기업 및 중견기업이 자체 개발한 특허권 등을 내국인에게 이전함으로써 이전하는 발생하는 소득에 대해 해당 소득세 또는 법인세의 50%에 상당하는 세액을 감면해주는 특례를 주고 있다.
 
하지만 신약연구개발 등과 같은 분야에 고액을 투자할 수 있는 곳은 다국적 외국기업이 대부분으로, 최근 3년간 혁신형 제약기업의 기술이전도 모두 외국법인과의 거래인 것으로 나타났다.
 
이에 장 의원은 혁신형 제약기업이 특허권 등을 내·외국인에게 이전함으로써 발생하는 소득에 대한 세액감면 규정을 신설하여 제약바이오산업의 활성화에 기여하고자 하는 것을 목표로 하는 개정안을 발의한 것이다.
 
장 의원은 "국내 제약기업의 매출 대비 R&D 투자비용 비율이 10%대가 넘는 등 신기술 개발에 박차를 가하고 있지만, 정부 지원 등이 미비해 현장에서는 어려움을 겪고 있다"면서 "이번 개정안을 통해 혁신형 제약기업의 성장을 돕는 한편 한국 바이오제약업계 전반에 활력을 줄 수 있는 계기를 마련하길 바란다"고 밝혔다.
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