연구·인력개발비 세액공제 사전심사제, 반기별 설명회 열린다

정부, 19일 '경제규제 개선 과제' 발표
국세청, 오는 4월과 11월에 연구개발비 세액공제 설명회 예정
혁신형 제약기업 인증기준 개선 방안도 담겨…9월까지 목표

이정수 기자 (leejs@medipana.com)2025-03-19 13:40

[메디파나뉴스 = 이정수 기자] 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도를 활성화하기 위해 반기마다 설명회가 마련된다. 또 오는 9월까지 혁신형 제약기업 인증기준 개선이 추진된다.

19일 기획재정부에 따르면, 이날 정부는 정부서울청사에서 최상목 대통령 권한대행 부총리 겸 기획재정부 장관이 주재한 국정현안관계장관회의 겸 경제관계장관회의 겸 산업 경쟁력강화 관계장관회의에서 이같은 내용을 담은 '경제규제 개선 과제'를 발표했다.

금번 대책은 지난해 12월 신설된 '중기익스프레스 핫라인'을 통해 접수된 건의를 포함해 행정·경영부담을 완화하고 신산업과 기술을 촉진하기 위한 현장체감형 규제개선 과제를 마련했다는 데 의의가 있다.

이에 따르면, 과기부와 국세청, 관련협회 등은 반기별로 연구 및 인력개발비 세액공제 사전심사제도에 대한 공동 설명회를 개최한다.

이는 연구·인력개발비 세액공제 적정성 여부를 국세청이 판단해주는 사전심사제도가 있으나, 방대한 매뉴얼과 증빙 부담 등으로 기업이 활용하는 데 한계가 있다는 판단에서다.

핫라인을 통해 접수된 바에 따르면, 한 업체는 :R&D 세액공제를 받았으나, 몇 년 후 국세청 세무조사에서 연구개발 활동으로 인정받지 못해 과거 공제금액이 전액 환수되고, 가산세까지 물어야만 했다.

이에 해당 업체는 '세액공제가 가능한지에 대해 연구개발 초기 단계부터 공제인정 요건을 명확히 알려주었으면 한다'고 건의했다.

이에 따라 국세청은 오는 4월과 11월에 과기부, 한국산업기술진흥협회와 함께 공동 설명회를 개최할 예정이다.

또 공동 설명회 외에 오는 5월까지 자가진단 안내 동영상을 제작하는 등 홍보활동을 강화할 계획이다.
이번 경제규제 개선 과제 발표에는 앞서 복지부에서 발표했던 '혁신형 제약기업 인증기준 개선'을 비롯해 '바이오분야 국가R&D사업 참여조건 완화' 등도 포함됐다.

이에 따르면, 복지부는 혁신형 제약기업 인증 평가 객관성 제고를 위한 정량지표를 신설한다. 예를 들어 매출액 대비 연구개발비 비중, 수출규모 등을 정량지표로 도입하게 된다.

또 글로벌 협력 R&D를 반영하는 글로벌 제약사 인증유형을 구분한다.

다만 이를 위해서는 '제약산업육성법 시행령'과 '혁신형 제약기업 인증 규정' 개정이 필요하다. 복지부는 오는 9월까지 제도 개선을 마친다는 계획이다.

바이오분야 국가R&D사업 참여조건 완화 방안으로는 신규 투자 유치를 통해 신청시점에 자본전액잠식 상태에서 벗어난 경우 바이오 분야 국가R&D사업을 신청할 수 있도록 허용할 방침이다. 이미 과기부와 산업부는 자격이 완화된 상태이며, 향후 전 부처로 확대된다.

정부는 "앞으로도 현장 소통의 빈도와 범위를 확대해 체감도 높은 규제 혁신 과제를 지속 발굴해나가겠다"고 밝혔다.    

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