바이오 등 국가전략기술 업계, 투자세액공제 직접환급 '한 목소리'

이연희 국회의원, 22일 '조세특례제한법 일부개정법률안' 대표발의
현행법, 법인세 공제 방식 한가지만 규정…꾸준히 실효성 미흡 지적 받아
미국 IRA법, 세액공제 전액 현금 지급 또는 3자 양도 가능 
바이오업계 31.8%, 적기 투자 차질 빚기도

조해진 기자 (jhj@medipana.com)2025-01-23 11:45

[메디파나뉴스 = 조해진 기자] 국가전략기술에 투자세액공제를 지원하는 현행법에 대해 실효성이 부족하다는 지적이 이어지고 있다. 이에 현행 투자세액공제를 '직접환급제'로 변경하겠다는 '조세특례제한법 개정안'이 발의돼 업계가 주목하고 있다. 

23일 관련 업계에 따르면, 더불어민주당 이연희 국회의원은 '조세특례제한법 일부개정법률안'을 대표발의했다. 

현행 '조세특례제한법'에서는 국가전략기술에 대해 투자세액공제를 지원하는 방식으로 법인세 공제 방식 한가지만을 규정하고 있다. 

이와 관련해 이연희 국회의원은 "법인세 세액공제는 기업의 영업이익이 발생할 경우 적용이 가능하기 때문에, 대규모의 초기 투자로 이익이 발생하지 않은 기업의 경우 세액공제가 불가능하다"고 지적했다.  

현행법상 국가전략기술 세액공제 대상으로 지정되면, 사업화 시설 투자액에 대해 대기업과 중견기업은 15%, 중소기업은 25% 세액공제를 받을 수 있다. 

그러나 세액공제 방식이 '법인세 공제'에만 국한돼 있어, 대규모 초기 투자나 업황의 급변으로 충분한 영업이익을 담보하기 어려운 첨단산업분야 기업들에겐 실효성이 미흡하다는 의견이 꾸준히 제기돼 왔다. 

이 의원은 또한 "이월제도를 통해 향후 이익이 날 경우에 혜택을 받을 수 있도록 하고 있으나, 국가전략기술의 경우 국제 경쟁이 치열해 실질적인 혜택이 절실한 상황"이라며 "미국의 IRA법의 경우에도 세액공제를 전액 현금으로 지급하거나 제3자 양도가 가능하도록 하고 있다. 현행 조세특례제한법은 세계 경쟁력 측면에서도 뒤쳐진다는 지적이 나온다"고 법안 개정이 필요한 이유를 밝혔다. 

그러면서 "국가전략기술의 경우 미래보다 현재의 지원을 체감할 수 있도록 해외입법례를 참고해 투자세액공제에 대해 영업이익이나 손실에 관계없이 직접 환급을 받거나 제3자에게 양도할 수 있도록 하고자 한다"고 직접환급제(안 제144조의2 및 제144조의3 신설)을 제안했다.

이와 관련해 한국바이오협회 바이오경제연구센터(이하 협회)는 23일 브리핑을 통해 지난해 9월 대한상공회의소가 한국바이오협회, 한국배터리산업협회, 한국디스플레이산업협회와 함께 국가전략기술 세액공제를 받고 있는 첨단산업분야 기업 100개사를 대상으로 조사한 결과를 밝혔다. 

조사에 참여한 기업들 중 80%는 '직접환급제' 도입에 긍정적으로 답변했으며, 절반가량은 투자세액공제액을 이월해 본 경험이 있는 것으로 나타났다.

조사 대상 100개사 중 바이오기업은 주요 대기업을 포함해 22개사가 응답했으며, 이들은 바이오산업 특성을 감안해 현행 투자세액공제가 '직접환급제'로 변경될 필요를 밝혔다고 전했다. 

또한, 응답한 바이오기업들 중 59.1%는 납부해야 할 법인세가 세액공제보다 적어 이월한 경험이 있는 것으로 조사됐으며, 31.8%는 현행 방식으로는 적절한 시기에 세액공제 혜택을 받을 수 없어 적기 투자에 차질을 빚기도 했다며 실효성이 미흡하다는 의견을 냈다.

협회는 "바이오 국가전략기술에는 백신과 바이오의약품 관련기술이 포함돼 있다"면서 "특히 사업화 시설의 경우, 바이오분야 특성상 GMP 등 생산시설 투자 초기에 막대한 시설자금이 투입된다. 개발, 허가, 상업화 등 매출이 일어나는 시점까지 10년 이상 소요되므로 현행 법인세 공제방식은 세액공제 수혜를 받기 어렵다"고 설명했다. 
 

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